T.C. Kültür ve Turizm Bakanlığı yönetiminde yenilenen Kütahya Müzesi, arkeoloji, maden ve etnografya seksiyonları olarak planlandı.

İlgili kazı raporları ve literatür taramasının ardından müze envanteri ayrıntılı bir şekilde incelenerek tema/kronoloji ve türler esasında sınıflandırılarak senaryo oluşturuldu. Müze, gezi güzergâhı yeni vitrinleme ve tematik bölümlere göre düzenlendi.

Müze koleksiyonu, eserlerin önem, görkem ve güvenlik kriterleri göz önünde bulundurularak yerleştirildi.